майер написал(а):У меня нет ДНК анализа СР семей и их промеров. У вас есть. Давайте анализировать и смотреть как отражается результат ДНК анализа в индексах программы. Это интересная работа. Данных много и у Anatoly
Майер!
У меня очень много данных, настолько много, что моего умишка не хватило для их обобщения - можете тоже попробовать...
Исследовано 30 пчел из одной семьи и 10 трутней из другой. Исследовано по программе "Порода по крыльям", по ДНК и по французской программе Apiclass. Выкладываю исходные данные и результаты по первым 10 пчелиным крыльям - для начала вполне хватит:
1. Сканы крыльев
По программе "Порода по крыльям" обсчитать можете все сами.
2. Результаты исследования этих же пчелок по ДНК:
2.а. Дополнительно - PLOT-анализ (интегральная балльная оценка ДНК по каждому крылышку):
Линия М - это СР порода
3. Результаты исследования первых 5 пчелок по программе Apiclass:
4. Результаты исследования следующих 5 пчелок по программе Apiclass:
5. Результаты сопоставления ПОРОДА - ДНК - Apiclass
На этой картинке содержимое графы "соответствие СР породе по баллам" вычислено мной как <соответствие СР породе> / (<соответствие СР породе> + <соответствие южным породам>) * 100. А содержимое графы "соответствие СР породе по ДНК" взято из PLOT-анализа
*****************************************************
Свои выводы давать не буду - чтобы не мешать Вам растекаться мыслью по древу...
Единственно что скажу, так это то, что INTERMISSA - подвид африканской пчелы. На мое высказывание "если учесть, что некоторые ученые утверждают о родственности СР и африканской пчелы" сначала Николенко сказал следующее:
Ваша фраза "если учесть, что некоторые ученые утверждают о родственности СР и африканской пчелы" имеет однозначный ответ (см. рисунок и саму статью в документах группы). Анализ однонуклеотидного полиморфизма (SNPs) ряда подвидов ещё в 2006 году позволил однозначно показать, что на крайних полюсах генетического древа вида находится среднерусская (черная, эволюционная линия М) и карника (жёлтая, линия С). Африканская линия А (розовая) - несколько ближе к М, но в целом является исходной точкой в современной эволюции вида. Что было в начале образования этого вида 1 млн. лет назад и где это было, мы пока не знаем.
Но вот дальше на мое (см. тут https://vk.com/topic-89886329_32035105?post=665 ):
"результаты показали, что в этой семье пчелы в среднем на 16,4% соответствуют СР породе (моя программа констатировала 10%) и на 49,2% - африканской породе Intermissa!!! Учитывая родственность этих пород можно допустить, что по ДНК-маркерам они идентифицируются одинаково, отсюда и высокое соответствие признакам СР породы. А моя программа "не знает" породные признаки африканской линии пчел, и считает только соответствие признакам СР породы, отсюда и множество неопределившихся крыльев (еще бы - пчелы соответствуют на 50% породе, признаки которой не занесены в эталонные диапазоны программы и, поэтому, данная порода не может быть идентифицирована). Но если эти породные диапазоны внести в программу, она покажет, что пчелы в сумме на 16,4+49,2=65% соответствуют СР породе и родственной ей породе Intermissa, и результаты исследований по двум методикам будут довольно близкими"
Получил обескураживающий ответ:
Любому далёкому от генетики человеку очевидно, что 50% intermissa в ближайшей и даже далёкой перспективе не могли попасть в геном Вашей пчелиной семьи. И если французская программа общую для линий А и М, как наиболее близкородственных (С на другом краю дивергенции), долю генома, содержащуюся в пчеле изи Ленинградской области (надеюсь, не завезённую сюда из Африки) относит к африканской линии, это очевидные проблемы французской программы (недостаток чистопородного материала по A.m.mellifera)
Я, наверное, уж очень далек от генетики, потому что мне это не показалось очевидным.
Удачи, Майер! Материала, по-моему, на диссертацию может хватить - дарю...
